Der Versuch des Bischofs, das Katharinenspital mit den Chorherren von St. Magn zu vereinen, scheitert - und sorgt für einige Unannehmlichkeiten. Dafür gelingt es seinem Nachfolger die Regensburger Wolfgangsbruderschaft zu seinen Zwecken umzugestalten. Auch in der Regensburger Politik erweist sich der so genannte Aueraufstand als Misserfolg, das kaufmännische Bürgertum behält die Kontrolle über den Stadtrat. Das Katharinenspital erhält im 14. und 15. Jahrhundert nochmals neue Verordnungen von Bischof und Spitalrat.

In den späten 40ern des 13. Jh. kommt es augenscheinlich zur Union zwischen dem Augustinerchorherrenstift St. Mang und den Brüdern des Spitals, die ebenfalls der Augustinusregel folgten. Hinter diesen Plänen steht Bischof Albert I. von Regensburg, der Herzog und Stadt weiter aus den Belangen des Spitals herausdrängen will. Wie sich in einem Dokument S43 von 1248 zeigt führte die Union zu großem Ärgernis unter den Brüdern beider Institutionen und wurde in diesem Jahr wieder aufgelöst. Zwei Jahre später muss auch der Bischof die erfolgte Trennung anerkennen S48. Im selben Jahr einigen S50 sich St. Mang und das Spital auf ihren Besitz. Als Vogt von St. Mang vergleicht S49 sich auch Herzog Otto II. mit dem Spital.
Eine Papsturkunde von 1251 M05 beschreibt einige Unordnung, die in der Folgezeit nicht nur durch die fehlgeschlagene Union, sondern auch durch Misswirtschaft des Propstes in St. Mang geherrscht haben muss. Papst Innozenz IV. ordnet dem Domdekan von Regensburg an, die Situation zu untersuchen. 1254 nimmt er das Augustinerchorherrenstift nochmal in seinen Schutz. M06.
Während die Fürsorge der Bedürftigen im 13. Jahrhundert von den städtischen Spitälern übernommen wurde, lag das Totengedenken in den Händen der Wolfgangsbruderschaft, einer Institution der Bürger Regensburgs. Bischof Heinrich von Roteneck versieht die Bruderschaft 1280 zunächst mit Schenkungen W01 und baut sie dann zu einer Gedächnisgemeinschaft W02 für sein Bischofsamt und das Domkapitel aus.
Anfang des 14. Jahrhunderts kochten die Interessenskonflikte unter den Bürgern der freien Stadt hoch. Schon im Lichtenberger Schied R09 von 1281 zeichneten sich die Konfliktparteien ab. Die Ritter, gemeint ist der städtische Verwaltungsadel, die Münzer und die Brauer auf der einen Seite, die Bürger und Kaufleute auf der anderen. Der Schied klärte und beschränkte die Kompetenzen des Hansgrafen, eines von den Bürgern jährlich gewählten Amtsträgers, der dem städtischen Handel vorstand.
Die Herrschaft der Auer zwischen 1330 und 1334 gelten als Höhepunkt des Konflikts. 1330 schließt sich die Auereinung R10, darunter die städtischen Handwerker, unter Bürgermeister Friedrich von Aue in einer Urkunde gegen und ihre Gegner in Rat und Kaufmannschaft zusammen. Ihr erklärtes Ziel ist die Offenlegung und Prüfung der städtischen Rechnungen. Einen Einblick in die damaligen Zustände gibt ein Brief des Bischofs an die Regensburger Hanse R11. Ein Vernehmungsprotokoll R12 aus dieser Zeit zeigt die Vorgänge in der Stadt.
1334 werden die Auer ihr Amt aus der Stadt vertrieben. In Folge dessen wird festgelegt R13, dass nur noch Leute von außerhalb Bürgermeister werden können. Die Familie zog sich daraufhin auf ihre Burgen im Umland zurück und setzte den Konflikt mit den Kaufleuten fort. Unterstützung findet sie dabei bei niemand geringerem als Kaiser Ludwig IV. dem Bayern. 1342 vereinigen sich die Regensburger in einem Friedbrief R14, einem Pergament an dem über 400 Siegel der Bürger hängen.  Damit konnte in der Folgezeit die Gefahr der Auer gegenüber der Stadt gebannt werden.
Ergänzend zu den Statuten von 1228 durch Bischof Nikolaus von Regensburg im Jahre 1316 S51 und nach einer Visitation im Jahre 1326 S52 neue Verordnungen hinzu. Auch 1452 wird, diesmal vom Spitalrat, eine neue Ordnung S53 erlassen.

Literatur

• Dirmeier, Artur: Die Wolfgangsbruderschaften von Regensburg - fraternitatis urbanorum. Traktat und Statuten, in: VHVO 146, Regensburg 2006.
• König, Stefan: Die älteren Urkunden des St. Katharinenspitals in Regensburg (1145 – 1251), Regensburg 2003.
• Schmuck, Johann: Der Aueraufstand, in: Regensburg im Mittelalter 1, Regensburg 1998, S. 131-136.
• ders: Ludwig der Bayer und die Reichsstadt Regensburg: Der Kampf um die Stadtherrschaft im späten Mittelalter (Regensburger Studien und Quellen zur Kulturgeschichte, Band 4), Regensburg 1992.